Menurut data resmi Kementerian Kesehatan yang dilaporkan melalui laman Infeksi Emerging, masih sedikit informasi tentang penyebaran hantavirus di Indonesia, baik pada hewan maupun manusia. Namun, penelitian menunjukkan bahwa infeksi hantavirus dan virus Seoul telah terjadi di Indonesia.
Penelitian yang dilakukan oleh Badan Penelitian dan Pengembangan Kesehatan (Balitbangkes) pada tahun 2015-2018 menemukan bahwa infeksi hantavirus pada rodensia tersebar di berbagai habitat, termasuk pemukiman, lahan pertanian, dan hutan. Hal ini menegaskan bahwa virus ini dapat ditemukan di Indonesia dan perlu mendapat perhatian lebih dalam sistem surveilans kesehatan negara.
