Gus Miftah resmi mengundurkan diri dari jabatannya sebagai Utusan Khusus Presiden Bidang Keberagaman Agama. Pengunduran diri ini diumumkan oleh Miftah pada Jumat, 6 Desember 2024 di Ponpes Ora Aji, Sleman, Yogyakarta. Pasca pengunduran diri, Miftah menceritakan curhatan dari sang istri tentang ketidaknyamanannya atas dirinya yang menjabat sebagai pejabat negara. Sang istri lebih merasa nyaman ketika Miftah menjadi pendakwah daripada pejabat negara. Curhatan sang istri ini menurut Miftah merupakan firasat atas beberapa peristiwa belakangan ini, termasuk keputusannya mundur dari jabatan Utusan Khusus Presiden. Miftah merasa terhormat atas amanah yang sebelumnya diberikan kepadanya oleh Presiden Prabowo Subianto dan menyatakan rasa terima kasih yang tulus. Miftah juga memohon maaf dan berterima kasih kepada seluruh rakyat Indonesia atas dukungan, doa, dan kepercayaan yang telah diberikan selama dirinya menjalankan tugas.